Een wanhopige groep vluchtelingen probeert de aarde na 20.000 jaar bezetting door Godzilla opnieuw te koloniseren, maar een jongeman heeft maar één prioriteit: wraak.
De bemanning van de Aratrum staat voor een groot dilemma en besluit terug te keren naar de aarde. Daar doen Haruo en zijn team een schokkende ontdekking.