In Super Smash Bros. Melee en Brawl kon prinses Zelda nog wel in Sheik veranderen. Zowel Sheik als Zelda kennen compleet verschillende moves en voor- en nadelen. In Brawl kon Samus uit de Metroid-serie ook in Zero Suit Samus veranderen door haar Final Smash-aanval in te zetten.

Meer Super Smash Bros. beperkingen

In de vierde Smash Bros.-game zijn alle vier deze karakters echter losse personages. Zij kunnen dus niet meer in hun alter ego veranderen. Volgens Sakurai ligt dit geheel aan de beperkte hardware in de 3DS. Die kan geen vijfde character tegelijkertijd in beeld brengen. Eerder gebeurde dit al bij de twee Ice Climbers.

Verder kan de 3DS-versie van Super Smash Bros. het niet aan om tijdens het gamen de Miiverse-applicatie te openen, of om in-game screenshots te posten. De game ondersteunt voorts niet de Circle Pad Pro, de extra analoge stick die je los bij de 3DS kunt kopen. Wel kunnen gamers via een mod een GameCube-controller op de 3DS aansluiten.