Shao Kahn over de zeik

Mortal Kombat 2 kan dus van start gaan en iedereen is weer van de partij, behalve Sonya die door Shao Kahn gevangen is genomen. Die was namelijk goed over de zeik nadat zijn team Mortal Kombat verloor. Jax en Raiden gaan tijdens het toernooi op pad om haar te redden, terwijl elders de jongere broer van Sub-zero van de dood van de ninja leert.

Verkleed als Sub-Zero gaat hij samen met Smoke outworld in, vastbesloten om wraak te nemen. Smoke loopt Raiden echter tegen het lijf en wordt door de dondergod geholpen op zijn pad. Dit leidt er uiteindelijk toe dat de jongere Sub-Zero een cynernetische operatie ondergaat en terugkomt als een robotversie van zichzelf.

Intussen is Raiden druk bezig met zijn visioenen en hij probeert ervoor te zorgen dat Kung Lao dit keer het toernooi wint, in plaats van Liu Kang. Het gevolg is minder prettig: Kung Lao sloopt Kintaro zonder al te veel moeite, maar Shao Kahn verplettert Kung Lao vervolgens in een oogwenk.

Dit leidt ertoe dat Liu Kang wederom tegenover de eindbaas van het toernooi staat, dit keer Shao Kahn. En Liu Kang verslaat de keizer van Outworld. Alleen Shao Kahn laat het er niet bij zitten dat zijn team nu twee keer verloren heeft. Het gevolg is zoals het in Mortal Kombat 3 ook was. Outworld valt de aarde binnen.